巢湖综合治理已进行多年，但水质没有根本好转。2017年中央环保督察组向安徽省反馈督察意见时，巢湖流域水环境保护被指形势严峻。我们认为,主要存在以下问题。
一是《巢湖流域水污染防治条例》执行不够到位。2014年12月《巢湖流域水污染防治条例》施行以来，一些地方和部门对《条例》执行落实不够到位。钱花了，但效果不够好，巢湖湖区总体水质呈Ⅴ类或Ⅳ类，形势不容乐观。
二是治理责任不明。杭埠河流经舒城县、庐江县、肥西县，兆河流经巢湖市、庐江县和枞阳县。多县、多镇管一河、治一河，河水受污染找不到责任主体。
三是沿湖及流域污水处理厂及设施重建设轻管理。合肥市投入数十亿资金以DBO(设计-建设-运营)模式在环巢湖流域35个乡镇建设了污水处理厂，但在建设过程中乡镇缺少参与权，出现地下管网漏接、错接和管网漏水等现象，很多生活污水没有有效收集。以上乡镇污水处理厂配套的人工湿地目前也均未进行环保验收。
四是河长制落实责任不力。巢湖流域的河流都是属地负责制，但担任河长的各乡镇长仅仅履行了清除河道垃圾、保持河道畅通的职责，对河水污染的治理不负责任。据中央督查组反馈，十五里河、南淝河和派河等3条汇入巢湖的河流水质均为劣Ⅴ类，污染严重。
五是蓝藻处置收效甚微。造成蓝藻每年暴发的主要原因是由于巢湖水体较浅，湖水流动不畅，湖底淤泥里的腐殖质经高温发酵形成蓝藻，漂浮到湖面。人工打捞、调水引流引藻、化学药物喷洒灭藻、投放食藻鱼都不能有效治理。藻水分离科技治理虽然有效，但治理水面小，收效甚微。
六是管网雨污分流实施不到位。35个DBO乡镇污水厂未实现雨污分流，沿湖大多数乡镇也没有雨污分流，很多富营养物质都是通过初期雨水直接汇入巢湖，对水体造成污染。
为做好巢湖流域水污染防治工作，建议：
1.做好基础研究、因地制宜。据考证，巢湖是由于地层局部陷落潴水而形成的，为典型的构造断陷湖，且平均水深不到3米。这一地质特性，在水污染防治上必须深入研究、因地制宜，不宜照搬照套国内外其他湖泊流域治理的经验。
2.标本兼治蓝藻。借鉴太湖、滇池治理经验，合肥市包河区、巢湖市在巢湖沿岸建造了多处藻水分离站，另外集蓝藻打捞、分离、处理及清水还湖于一体的移动式蓝藻处理平台也下水运行。这只是治标之法，人们期待着有良好的治理效果。要组织专家攻关，研究蓝藻治本之法，如用科学方法使湖底淤泥固化、阻碍蓝藻生成等方法的可行性和科学性。
3.污水全量处理。实行严格的环保标准，采取严厉的整治手段，建立严密的监控体系，对现有企业污水必须全部处理，达标排放。淘汰老旧的水污染严重的企业，严禁新上化工、印染、电镀、酿造等水污染项目。切实做好管网建设。限期整改环巢湖乡镇污水厂DBO项目配套的管网，消除漏接、错接和管网漏水等现象，督促沿湖乡镇加强入户支管网的建设，将污水应收尽收。同时，对老旧管网进行升级改造，特别是尽快进行雨污分流。新建管网必须严格要求雨污分流。
4.实施保护区禁限养。实行史上最严的禁限养令，在巢湖一级保护区(巢湖岸线外延一千米范围内陆域，入湖河道上溯至一万米及沿岸两侧各二百米范围内陆域)全面禁养，二级保护区(巢湖岸线外延一千至三千米范围内陆域，入湖河道上溯至一万米沿岸两侧各二百至一千米范围内陆域)实行限养。
5.严明湖、河长制责任。加大考核问责力度，对巢湖和各入湖河流水质进行严密监测，保证水质逐步好转，倒逼湖、河长履职尽责。
6.利用国家PPP的政策红利。政府治污采购不能以低价中标劣币驱逐良币的方式选择合作社会资本方，建议采用综合评分，择优选择实力雄厚、社会责任感强的知名大企业参与巢湖流域水污染防治。政府专心做好裁判员的工作，体现PPP“专业的人做专业的事、专业的事由专业的人来做、物有所值”的精髓。
